근로자퇴직급여보장법시행령 제3조 제1항이나 제38조의 사유에 따라 퇴직금을 중간정산하는 경우 중간정산 퇴직금을 지급받은 날에 퇴직한 것으로 보는 것이므로 중간정산 퇴직금은 그 지급한 날을 퇴직소득의 귀속시기로 보는 것이 타당할 것으로 판단됩니다(소득세법시행령 제43조 제2항). 따라서 2019.12.31일자로 중간정산하여 2020년에 지급한 경우 2020년을 귀속시기로 하여 원천징수하고 지급명세서를 제출하여야 할 것으로 판단됩니다.

제43조【퇴직판정의 특례】

② 계속근로기간 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 퇴직급여를 미리 지급받은 경우(임원인 근로소득자를포함하며, 이하 "퇴직소득중간지급"이라 한다)에는 그 지급받은 날에 퇴직한 것으로 본다. (2013.2.15. 개정) 

1.「근로자퇴직급여 보장법 시행령」제3조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 삭 제(2015.2.3.)

3.「근로자퇴직급여 보장법」제38조에 따라 퇴직연금제도가 폐지되는 경우

집행기준 22-50-3【중간정산퇴직금을 분할지급하는 경우의 수입시기 등】

①「근로자퇴직급여보장법」에 따라 계속 근로한 기간에 대한 퇴직금을 미리 정산하여 받기로 하고 해당 중간정산퇴직금을분할지급하는 경우 분할지급받는 퇴직소득의 수입시기는 "약정에 의하여 중간정산 퇴직금을 최초로 지급받기로 한날(지급일에 관한 약정이 없는 경우에는 실제로 중간정산 퇴직금을 최초로 지급 받는 날)"이다.

② 제1항의 경우 원천징수의무자가 퇴직소득을 1차로 지급하는 때에 1차 지급분에 대하여 원천징수하고 2차 이후의 지급분을 1차 지급일과 동일한 연도에 지급하는 경우에는 해당 지급분을 지급하는 때에 원천징수하며, 1차 지급일과 동일한 연도에 미지급한 경우에는 퇴직소득지급시기 의제를 적용하여 원천징수한다.