조세특례제한법 제99조의4 규정에 의하여 양도소득세 관련 1세대 1주택 비과세 적용시 일정요건을 갖춘 "농어촌주택"은 없는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세여부를 판단합니다.

하지만 주택자금관련 소득공제와 관련된 법에서는 양도소득세와 달리 농어촌주택(농가주택)을 주택으로 보지않는 규정이 없으므로 과세연도 종료일 현재 무주택 세대의 세대주(혹은 세대원)을 공제 요건으로 하는 주택임차차입금원리금상환액 소득공제는 적용할 수 없다고 판단됩니다.

[ 관련법령 ]

조세특레제한법 제99조의 4【농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2020년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택 등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택 등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택 등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용한다.

소득세법 제52조【특별소득공제】

④ 과세기간 종료일 현재 주택을 소유하지 아니한 대통령령으로 정하는 세대(이하 제5항에서 "세대"라 한다)의 세대주(세대주가 이 항, 제5항 및「조세특례제한법」제87조 제2항에 따른 공제를 받지 아니하는 경우에는 세대의 구성원을 말한다)로서 근로소득이 있는 거주자가 대통령령으로 정하는 일정 규모 이하의 주택(주거에 사용하는 오피스텔과 주택 및 오피스텔에 딸린 토지를 포함하며, 그 딸린 토지가 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우 해당 주택 및 오피스텔은 제외한다)을 임차하기 위하여 대통령령으로 정하는 주택 임차자금 차입금의 원리금 상환액을 지급하는 경우에는 그 금액의 100분의 40에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 근로소득금액에서 공제한다. 다만, 그 공제하는 금액과「조세특례제한법」제87조 제2항에 따른 금액의 합계액이 연 300만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액(이하 이 항에서 "한도초과금액"이라 한다)은 없는 것으로 한다.