연구원이 국책과제 연구를 진행하고 그에 따른 연구수당을 지급받는 것만으로는 비과세에 해당하지 않습니다.

첫째,

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2 제1항 제1호 또는 제3호에 따른 중소기업 또는 벤처기업의 기업부설연구소와 연구전담개발부서에 해당되는지, 해당 연구활동이 기업부설연구소의 설립목적과 기능에 부합하는 연구사업, 국책연구사업 및 외부 수탁연구사업 또는 정부에서 예산을 지원 및 승인(인정)한 사업 등에 해당하는지 판단해야 합니다.

둘째,

연구활동비 지급규정에 따라 지급되는 금액인지와 연구활동비가 당해 연구기관과의 "연봉계약서"에 포함되어 있는 경우 비과세를 적용해야 하는 것입니다.

셋째,

연구활동에 직접 종사하는 자에게 지급하는 연구보조비 또는 연구 활동비 중 "월 20만원 이내의 금액"이라 함은 매 월별로 연구보조비로 지급한 금액으로서 20만원 이내의 금액을 말하는 것입니다.

과세관청의 해석이 필요할 수 있으나 보수적인 관점에서 국책과제 사업계획서상 국고보조로 참여 연구원들에게 연 1회 지급되는 연구수당은 비과세로 처리하기 보다는 과세대상 근로소득으로 보아야 한다고 판단됩니다.

[ 관련법령 ]

소득세법 제12조【실비변상적 급여의 범위】

법 제12조 제3호 자목에서 "대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여"란 다음 각 호의 것을 말한다.

12. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액

나.「특정연구기관육성법」의 적용을 받는 연구기관, 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관,「지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 지방자치단체출연연구원에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다) 및 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 기획재정부령으로 정하는 자

다. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조의 2 제1항 제1호 또는 제3호의 기준을 충족하여「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 2 제1항에 따라 인정받은 중소기업 또는 벤처기업의 기업부설연구소와 같은 항에 따라 설치하는 연구개발전담부서(중소기업 또는 벤처기업에 설치하는 것으로 한정한다)에서 연구활동에 직접 종사하는 자

[ 관련예규 ]

소득, 제도46011-11755,2001.06.27.

[ 제 목 ]

연구활동비 항목이 없어지는 경우에도 비과세 혜택을 받을 수 있는지 여부

[ 회 신 ]

소득세 과세대상 급여에서 제외되는 연구활동비는 연구기관의 연구원이 당해 연구기관으로부터 연구활동비 지급규정에 따라 받는 연구활동비로 함.

소득, 서면인터넷방문상담1팀-169,2005.02.02.

[ 제 목 ]

근로소득에서 제외되는 연구활동비의 적용범위

[ 회 신 ]

소득세법시행령 제38조 제1항 제8호 규정에 의하여 연구활동에 직접 종사하는 자가 지급받는 연구활동비로서 근로소득에서 제외되는 금액은, 해당 연구기관으로부터 연구활동비지급규정에 따라 지급받는 금액으로서 동 연구활동비가 당해 연구기관과의 ‘연봉계약서‘에 포함되어 있는 경우 과세 제외되는 것이며, 이에 해당하지 아니하는 경우에는 과세대상 근로소득에 해당하는 것입니다.

소득, 법인46013-152,1998.01.20.

[ 제 목 ]

연구활동비 비과세관련 연구활동에 직접 종사하는 자의 범위

[ 회 신 ]

소득세법시행령 제38조 제1항 제8호 가목에서 규정하는 연구기관에서 “연구활동에 직접 종사하는 자”라 함은 연구부서(연구팀을 포함함)에서 연구활동에 직접 종사하는 자(대학교원에 준하는 자격을 가진 자에 한한다)를 말하는 것이며, 이때 “연구팀”은 특정연구과제의 수행을 위해 구성된 별도의 팀을 말한다. 비연구부서 근무기간에 지급받은 연구활동비는 비과세 연구활동비에 해당하지 아니한다. 당해 연구활동이 당해 연구기관의 설립목적과 기능에 부합하는 연구사업, 국책연구사업 및 외부 수탁연구사업 또는 정부에서 예산을 지원 및 승인(인정)한 사업 등에 해당하는 경우 소득세법시행령 제38조 제1항 제8호 가목의 “연구활동”에 해당하는 것이나, 연구기관 운영의 효율화를 위한 기획 및 행정업무 등 일반적인 지원 업무개발을 위하여 수행하는 자체연구사업 등은 이에 해당하지 않는다.